O Museu do Corpo de Fuzileiros Navais (CFN) nasceu de uma pequena sala de antiguidades e se tornou um dos espaços históricos mais completos do Centro do Rio de Janeiro. Sua trajetória acompanha o esforço de gerações de Fuzileiros Navais para preservar a memória da corporação.
1974: a Sala de Antiguidades

O Comandante-Geral, Vice-Almirante (FN) Roberval Pizarro Marques, inaugurou uma sala de antiguidades na Fortaleza de São José em 12 de março de 1974. Ela reunia um precioso acervo de material ligado à história da corporação. Mais tarde, a sala mudou para outras dependências da própria Fortaleza.
1977: Sala de Antiguidades Comandante Clemente

O acervo foi transferido para o Centro de Instrução e Adestramento na gestão do Comandante-Geral, Vice-Almirante (FN) Domingos de Mattos Cortez, em 1977. O Memorando nº 0075, de 27 de dezembro daquele ano, deu à sala o nome de Sala de Antiguidades Comandante Clemente. A homenagem foi ao CMG (FN) Clemente José Monteiro Filho, que dedicou a vida à pesquisa e à preservação da memória do CFN.
1989: a volta às origens
O Comandante-Geral inaugurou as novas instalações da Sala Comandante Clemente em março de 1989, nas comemorações dos 181 anos do CFN. O acervo voltou à Fortaleza de São José, onde havia nascido, agora ligado ao Túnel Histórico.
1990: nasce o Museu do Corpo de Fuzileiros Navais

O Comandante-Geral, Almirante de Esquadra (FN) Coaraciara Bricio Godinho, denominou "Museu do Corpo de Fuzileiros Navais" o complexo histórico da Fortaleza de São José formado pela Sala de Antiguidades Comandante Clemente, pelo Túnel Histórico e pelo Túnel das Armas. O ato foi a Portaria nº 30, de 26 de março de 1990, que marca o nascimento oficial do Museu do CFN.
O Comandante Paulo Roberto Marcos Quintão conduziu o museu de 1990 a 11 de fevereiro de 2004. Em sua gestão, o museu:
- instalou seu circuito nos túneis da Fortaleza, cujo potencial histórico Quintão identificou;
- renovou a exposição do acervo e a metodologia de pesquisa histórica da corporação;
- criou o Salão de Artes Plásticas do Museu do CFN, que o inseriu no calendário cultural do Rio de Janeiro;
- resgatou o Projeto Memória e retomou a pesquisa biográfica dos Comandantes-Gerais;
- levou o acervo a novos públicos com o projeto "Museu Itinerante".
Por esse trabalho, o principal túnel do circuito leva hoje o nome de Túnel Histórico Comandante Quintão.
2005: remodelação e novos espaços

Uma nova etapa do museu foi inaugurada em 7 de março de 2005, Dia do Fuzileiro Naval, após obras de remodelação das instalações da Fortaleza e de ampliação dos espaços destinados ao Museu. O circuito passou a incorporar ambientes históricos da própria fortificação, entre eles os túneis subterrâneos, e visitar o museu passou a significar também percorrer a Fortaleza.
2006: Memorial e modernização

O Memorial aos Fuzileiros Navais Mortos em Combate foi inaugurado em 12 de junho de 2006 e logo incluído no circuito de visitação. A pedra fundamental do Memorial, lançada em 7 de março daquele ano, está guardada no acervo do museu. A modernização do espaço expositivo avançou em 2006, com a criação de uma exposição audiovisual permanente numa antiga masmorra da Fortaleza.
2024: reinauguração nos 400 anos da Fortaleza

O Museu foi reaberto em 1º de novembro de 2024, após cerca de um ano e meio de reforma e revitalização, como parte das comemorações dos 400 anos da Fortaleza de São José. Mesmo durante as obras, o espaço recebeu três mil crianças de escolas públicas. A reinauguração trouxe um novo roteiro expositivo e a Cisterna totalmente reformada e climatizada, com a linha do tempo e a exposição audiovisual.
Hoje
O Museu integra o circuito histórico do Centro do Rio de Janeiro e recebe mais de oito mil visitantes em visitas guiadas e gratuitas. Escolas, universidades, pesquisadores, turistas e veteranos encontram ali a história da Fortaleza, da cidade e dos Fuzileiros Navais.